Aperçu des sections
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Ce mercredi 2 octobre de 13h15 à 16h30 en salle 35.1.19 (salle BILL) sera organisé une table ronde de manière à discuter ensemble des résultats de chacun des groupes.
Vous pouvez déposer ici les slides de vos analyses (max 3 slides). Vous serez notés sur le soin de vos analyses et vos interprétations des résultats.
Les membres des groupes prendront la parole chacun à leur tour et pourront débattre entre eux.
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Données pour les analyses KmerExplor et DGE (Differential Gene Expression)
J'ai déposé sur le serveur NGSTC différentes données pour les TP dans /students/HAM2BIF/donnees/fastq.
Liste des données pour KmerExplor Données Question KmerExplor Espèce CCLE Q1: identification du sexe Humain GSE51984-Leucegene_Normal Q3: identification du micro-environnement tissulaire Humain PRJNA595606-Brain_Tissue Q2: identification contamination rRNA, orientation... Humain PRJNA1023222-Brain-Drosophila Q5: KmerExplor chez la drosophile Drosophile PF-F23A430000579-Mice Q4: KmerExplor chez la souris Souris Pour lancer les kmerExplor (qui serront assez long), vous devez utiliser des sbatch:Exemple:#!/bin/bash #SBATCH --ntasks-per-node=4 # option, to use remove the first comment # name for the job, easier to find in squeue #SBATCH --job-name=my_job_name # filename of my program stdout and stderr #SBATCH --output=my_program-%j.output #SBATCH --error=my_program-%j.err# script bash classique # Chaque commande DOIT être précédée d'un srun srun kmerexplor -c 4 .....
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Introduction
base-for-TAMs.R
exercise-series-1.pdf
GSE77288_molecules-raw-single-per-sample.txt.gz
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caf-data for the CAF dataset
full_count_matrix for the heart muscle project
barcodes, features, and matrix for the TAM project
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