Résumé de section
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Les étudiants doiventMarquer comme terminé
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Les étudiants doiventMarquer comme terminé
23 Sept @ 5.129
Analyse pangenomique des données KHV
Voici des exemples de lignes de commande à lancer sur le cluster NGSTC :
- minigraph -cxggs -t 8 ref.fasta $(ls all_assemblies/P65*_assembly.fasta) > pangenome_65.gfa
- gfatools bubble pangenome_65.gfa > bubbles.bed
- singularity exec /data/tools/cactus/cactus_v3.0.0.sif cactus-minigraph --batchSystem single_machine --maxCores 8 --mgCores 8 --defaultMemory 16G ./cactus_jobstore seqFile.txt trois_assemblages_cactus.gfa --reference P15-10
- Rédaction de l'article sur les approches de séquençage : https://docs.google.com/document/d/1EO787SuInH_AEeB2wbW6gHQNLna_zZ3HawznKXFGaPg/edit?usp=sharing
@salle BILL - Temps de questions/réponses
@salle BILL - Table ronde#####
Le rendu doit se faire par groupe de 4 personnes min et être composé de 5 à 10 pages incluant figures, page de garde et références.
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