Résumé de section
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Les étudiants doiventMarquer comme terminé
Données pour les analyses KmerExplor et DGE (Differential Gene Expression)
J'ai déposé sur le serveur NGSTC différentes données pour les TP dans /students/HAM2BIF/donnees/fastq.
Liste des données pour KmerExplor Données Question KmerExplor Espèce CCLE Q1: identification du sexe Humain GSE51984-Leucegene_Normal Q3: identification du micro-environnement tissulaire Humain PRJNA595606-Brain_Tissue Q2: identification contamination rRNA, orientation... Humain PRJNA1023222-Brain-Drosophila Q5: KmerExplor chez la drosophile Drosophile PF-F23A430000579-Mice Q4: KmerExplor chez la souris Souris Pour lancer les kmerExplor (qui serront assez long), vous devez utiliser des sbatch:Exemple:#!/bin/bash #SBATCH --ntasks-per-node=4 # option, to use remove the first comment # name for the job, easier to find in squeue #SBATCH --job-name=my_job_name # filename of my program stdout and stderr #SBATCH --output=my_program-%j.output #SBATCH --error=my_program-%j.err# script bash classique # Chaque commande DOIT être précédée d'un srun srun kmerexplor -c 4 ..... -
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