Bonjour à tous,
Afin de reprendre en douceur mais efficacement cette rentrée dans le cadre du projet BILL, je vous propose de se faire une mise à jour sur les approches de séquençage. Je ne parle de technologies mais plus comment on utilise ces technologies pour répondre à des questions scientifiques précises.
Pour ce faire, vous allez par groupe de 2 ou 3, préparer une présentation courte de 5-10 min (donc 5 à 7 slides) + un résumé de 1-2 pages pour une thématique de votre choix sachant qu'il y a 9 thématiques (voir ci-dessous).
Le but sera de présenter à vos camarades de manière claire et intelligible le design, la finalité et les limites de chaque approche et comparer les approches d'une même thématique.
Afin d'éviter les doublons, merci de me dire par mail vos trois choix dans l'ordre avant ce vendredi. Je ferais une attribution en maximisant la satisfaction globale (algorithme simple d'affectation).
En fonction de la qualité de vos travaux, nous pourrons envisager de les partager avec la communauté via le blog de https://bioinfo-fr.net.
Les présentations se tiendront le lundi 21 septembre de 13h15 à 16h30.
Approches :
- Génome (WGS, WES, Amplicon-seq)
- Transcriptome classique (RNA-seq, small RNA-seq, CAGE-seq)
- Transcription naissante (Ribo-seq, PRO/GRO-seq, NET-seq, TT-seq)
- Épigénome — chromatine (ChIP-seq, CUT&RUN/Tag, ATAC-seq, DNase-seq, FAIRE-seq, MNase-seq)
- Épigénome — méthylation (WGBS, RRBS, MeDIP-seq)
- Architecture 3D (Hi-C, Micro-C, ChIA-PET/HiChIP, 4C/5C, SPRITE)
- Réplication de l'ADN (OK-seq, Repli-seq, SNS-seq, EdU-seq, TrAEL-seq)
- Interactions ARN-protéines (CLIP-seq et variantes, RIP-seq, ChIRP-seq, SHAPE-seq)
- Single-cell/spatial + techniques ciblées (scRNA-seq, CITE-seq, Multiome, spatial, TAC-seq, Duplex-seq)