Aperçu des sections

  • Généralités

  • EMPLOI DU TEMPS

    Bienvenue dans l'UE de M2 "Phylogénie Approfondie : Méthodes & Applications en Évolution" pour l'année 2019-2020.

    Les enseignements auront lieu tous les après-midis, du lundi au jeudi inclus, des semaines 48 et 49, selon le planning suivant :


    Semaine Date Enseignements Horaire 1 Salle 1 Enseignements
    Horaire 2 Salle 2
     
     
    S 48 Lu 25/11/2019 Cours #1 (début) 15h00-16h30 Salle ? Cours #1 (fin) 16h45-18h15 Salle ?
    S 48 Ma 26/11 Cours #2 (début) 15h00-16h30 Salle ? Cours #2 (fin) 16h45-18h15 Salle ?
    S 48 Me 27/11 TP bio-info #1 13h15-15h45 (groupe 1 [de ? à ? inclus]) Bât ? - Salle ? TP bio-info #1 15h45-18h15 (groupe 2 [de ? inclus à ?]) Bât ? - Salle ?
    S 48 Je 28/11 Cours #3 (début) 15h00-16h30 Salle ?
    Cours #3 (fin) 16h45-18h15 Salle ?
                   
    S 49 Lu 02/12/2019 Cours #4 (début) 13h15-16h00 Salle ?
    Cours #4 (fin) 16h15-18h15 Salle ?
    S 49 Ma 03/12 TP bio-info #2 13h15-16h30 Bât ? - Salle ? TP bio-info #2 15h45-18h15 Bât ? - Salle ?
    S 49 Me 04/12 TP bio-info #3 13h15-16h30 Bât ? - Salle ? TP bio-info #3 15h45-18h15 Bât ? - Salle ?
    S 49 Je 05/12 Cours #5 (début) 15h00-16h30 Salle ?
    Cours #5 (fin) 16h45-18h15 Salle ?
     — — 


    L'examen terminal de l'UE aura lieu : le Mercredi 09 janvier 2019 — 08h30 à 10h30 — Bât 23, salle STP10 —

    Aucun document ne sera autorisé.


    Le responsable de l'UE, Emmanuel Douzery (RDC Bât 22).

    • Cours

      • TP Bio-info #1 : Alignement et indels (BRCA1)

        Objectifs du TP : Aligner l'exon 11 du gène BRCA1 (BReast and ovarian CAncer susceptibility gene N°1) chez 8 mammifères placentaires et un groupe externe marsupial. Comprendre la dynamique évolutive des indels et évaluer leur signal phylogénétique. Inférer et comparer des arbres phylogénétiques par méthodes de distance (NJ), de cladistique avec parcimonie (MP), et par approche probabiliste avec maximum de vraisemblance (ML).


        • TP Bio-info #2 : Maximum de vraisemblance (ARNr 18S des Deutérostomiens)

          Objectifs du TP : estimer de manière conjointe par maximum de vraisemblance des paramètres du modèle d'évolution des séquences d'ARN. Comparer des modèles d'évolution des séquences afin de déterminer celui qui est le plus approprié. Inférer des arbres phylogénétiques par approche probabiliste avec maximum de vraisemblance (ML), et comparer avec le positionnement d'un taxon à longue branche sous les critères de distance et de maximum de parcimonie.

          • TP Bio-info #3 : Inférence Bayésienne (alpha-protéobactéries)

            Objectifs du TP : inférer par approche Bayésienne les arbres de probabilité postérieure maximale pour 4 alignements de séquences protéiques. Identifier les phases d'allumage, décrire les distributions des paramètres du modèle d'évolution des séquences, mesurer les probabilités postérieures des clades, et donner l'interprétation biologique de la comparaison des topologies obtenues.