Aperçu des sections

  • Généralités

  • EMPLOI DU TEMPS

    Bienvenue dans l'UE "Phylogénie & Évolution" pour l'année universitaire 2019-2020.

    Rentrée de l'UE : mercredi 12 septembre 2018, 08h00, salle TD 12.05 !

    Les enseignements auront lieu tous les mercredi du semestre 1 selon le planning suivant :



    SemaineJourSalle
    créneau 1
    Salle
    créneau 2
    JourSalle
    créneau 3
    Salle
    créneau 4
    08h00-09h3009h45-11h1515h00-16h3016h45-18h15
    S3711-sept-19XX12-sept
    S3818-septXX19-septXX
    S3925-septX
    X
    26-sept
    S4002-octX
    X
    03-octX
    X
    S4109-octX
    X
    10-oct
    S4216-octX
    X17-octX
    X
    S4323-oct
    24-oct
    S44Vacances —— Vacances
    S4506-novSalonÉcologie07-novSalonÉcologie
    S4613-novXX
    14-novX
    X
    S4720-novX
    X
    21-nov

     

     

    S48 27-novX
    X
    28-novXX
    S4904-décXX
    05-déc
    S5011-décXX12-décX
    X


    L'examen terminal de l'UE aura lieu : le mercredi 09 janvier 201913h15 à 16h30 — Bât 23, salle STP10 — Aucun document ne sera autorisé.


    Le responsable de l'UE, Emmanuel Douzery (RDC Bât 22).


    • PLAN DU COURS

      I. INTRODUCTION : HISTORIQUE DE LA NOTION D'ÉVOLUTION

      0. Préambule : le paradigme phylogénétique

      1. L'Échelle de la Vie

      2. Les apports de la géologie à l'évolution

      3. Fixisme versus transformisme

      4. Les contributions de Darwin & Wallace : descendance avec modification & sélection naturelle

      5. Bilan : les trois conceptions de l'histoire des organismes


      II. LA SYSTÉMATIQUE PHYLOGÉNÉTIQUE

      1. Quelques définitions

      2. Les caractères : des indices évolutifs

      3. Quelle systématique adopter ?

      4. Systématique moléculaire : pourquoi tant d'ADN ?

      5. L'alignement des séquences

      6. La notion centrale d'homologie


      III. LA REPRÉSENTATION PHYLOGÉNÉTIQUE

      1. Réseaux & Arbres

      2. Qu'est ce qu'un arbre phylogénétique ?

      3. Les différents types de dendrogrammes : topologie et longueurs de branches

      4. La notation parenthésée


      IV. LES MÉTHODES D’INFÉRENCE PHYLOGÉNÉTIQUE PAR DISTANCES

      1. Le calcul des distances génétiques

      2. Les approches phénétiques WPGMA et UPGMA

      3. Une approche sans horloge : NJ (Neighbor Joining)

      4. Degré de distorsion et critère des moindres carrés

      5. Applications des méthodes de distance

      6. Synthèse : avantages et inconvénients de ces approches


      V. L'APPROCHE CLADISTIQUE ET LE PRINCIPE DU MAXIMUM DE PARCIMONIE

      1. Distances versus cladistique

      2. Les règles cladistes

      3. Groupes mono-, para-, et poly-phylétiques

      4. La double optimisation par parcimonie maximale

      5. Synthèse : avantages et inconvénients de l'approche


      VI. L'APPROCHE PROBABILISTE, LE PRINCIPE DU MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE, ET LES MODÈLES D'ÉVOLUTION DES SÉQUENCES

      1. Contexte général : parcimonie versus vraisemblance

      2. Le calcul de la vraisemblance d'une topologie

      3. La construction d'un modèle d'évolution à deux états

      4. Généralisation aux modèles d'évolution de l'ADN

      5. Quelques modèles classiques d'évolution nucléotidique

      6. Application : à la recherche de l'arbre le plus vraisemblable


      VII. LES MESURES DE LA SOLIDITÉ DES PHYLOGÉNIES

      1. L’indice de Bremer

      2. Re-échantillonnage avec remise : le bootstrap

      3. Re-échantillonnage sans remise : le jackknife

      4. La comparaison de topologies

      5. La corroboration en approche multigénique

      6. Phylogénies de gènes et d’espèces


      VIII. EXEMPLES D’APPLICATION DE LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE EN EVOLUTION

      1. Biologie de la conservation : un pont entre phylogénie et écologie

      2. Macroévolution : taux de spéciation et taux d'extinction

      3. L'identification moléculaire ("code-barre") des espèces

      4. La phylogéographie

      5. Les éléments répétés du génome


      IX. LA PHYLOGÉNIE DE QUELQUES GRANDS GROUPES D’ORGANISMES

      1. Mammifères  2. Vertébrés  3. Angiospermes  4. Eucaryotes


      X. QUIZ & EXPRESSION ORALE (selon temps disponible)

      1. Suivi régulier des apprentissages

      2. Initiation à l'expression orale et au commentaire scientifique


      • DIAPORAMAS

      • PRÉSENTATIONS ORALES D'ARTICLES DE PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE