HAU703I - Analyse de données en bioinformatique : De l'individu à la population

Les données d'ADN, ARN et protéines (réplication, transcription et traduction) ; Séquençage/Étapes de l’assemblage (histoire, différents types de reads, spécification, qualité, ...) ; Les polymorphismes individuels et populationnels ; Histoire évolutive des séquences et arbres phylogénétiques. Présentation des formats de séquence (fasta, fastQ,gff, gtf,genbank, vcf) / banque ; Outils : commandes BASH ; Interrogation de banques + BLAST + mapping de données GATK de base (plutôt clic-bouton) ; TP informatiques d’application en R : cas Pratiques sur des jeux de données (populations).

Objectifs :
Etre capable de rechercher les données préexistantes dans les banques et de les formater ; Savoir réaliser les approches de bases avec les données DNA-seq ; Etre capable de représenter et interpréter intelligemment les résultats d'analyse (par Exemple, utilisation de R).