La phylogénie
est une quête d'indices évolutifs. Le but de ce module est de montrer où
trouver des caractères pertinents, comment représenter une histoire évolutive,
et comment analyser l'homologie moléculaire. Les outils étudiés sont les méthodes
de distance, l'approche cladistique avec parcimonie maximale, et surtout les
approches probabilistes, avec soit vraisemblance maximale, soit statistique Bayésienne.
L'importance des modèles d'évolution des séquences d'ADN, ARN et protéine est
soulignée. La mise en pratique bioinformatique de ces notions utilise l'exemple
de l'alignement et des indels, l'attraction des longues branches, et la
corroboration multigénique.
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