HMCH395_Partie Synthèse peptidique avancée
Aperçu des sections
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Présentation des étudiants aux questions du cours de peptide HMCH_396
1 Why peptides are chemically synthesized from C to N ?
Comprendre le mécanisme d’épimérisation en synthèse peptidique par formation d’oxazolone et les moyens de le minimiser.
2 How to make a convergent synthesis (fragment coupling) ?
Comprendre le problème d’épimérisation (cf. question 1)
Comprendre quels aminoacides C-ter on peut activer (Gly, Pro, Pseudoprolines Oxazolidine, AA non naturels)
Savoir synthétiser sur support un peptide protégé et N-ter OU C-ter libre (résine trityl)
3 Why is the Fmoc/tBu SPPS strategy the standard to synthesize peptide ?
Comprendre la différence entre Boc/Bzl et Fmoc/tBu en terme d’orthogonalité.
Connaitre les linkers utilisable sen stratégie Fmoc et Boc poru al préparation des peptides de base (C-ter acide ou C-ter amide) : Trityl, HMPA (Wang), chlorometylbenzyl (Merrifield), HMBA, Rink amide, MBHA.
Identifier le problème de DKP pour les linkers Cter acide (ester liaison)
4 Why and how synthesizing a N-C cyclic peptide?
Comprendre les problèmes de stabilité de peptides et de structuration pour augmenter l’affinité et la spécificité.
Mêmes enjeux que la question 2.
Connaitre l’utilisation du linker BAL, savoir utiliser la résine trityl pour obtenir un peptide C et N ter déprotégé en gardant les chaines latérales.
5 What is the best coupling reagent?
Connaitre les mécanismes d’activation carbodiimide+nucléophile auxiliaire ou agent de couplage + base.
Connaitre les problèmes et avantages de ces méthodes.
Savoir expliquer pourquoi la préactivation est souvent inutile voire délétère et comprendre les mécanismes ( par exemple pourquoi ajoute on un nuclophile auxilliaire avec les carbodiimides, pourquoi il est illogique d’ajouter une nucléophile auxiliaire à un agent de couplage et pourquoi il est stupide d’ajouter de l’HOBt à un couplage au HATU/DIEA)
6 What is the aggregation problem and how to remove/minimize it?
Savoir ce qu’est l’agrégation. Expliquer pourquoi les résines PEG sont plus efficaces que les résines PS.
Connaitre la stratégie O-N acyl shift (Kiso) , les groupes HMB et les pseudo prolines
7 How to chemically synthesize long peptides (>50AA) or proteins ?
Ligation native, préparation des thioesters C-ter chimiquement et biologiquement (intéines).
8 How to chemically modify peptides/proteins with probes, carriers, targetters, systems...? (conjugates)
Principales réactions bioorthogonales (e.g. oxime, hydrazides, thioether (maléimide) CuAACn) et ligation enzymatique de type transglutaminase
9 What is a CPP?, What is a foldamer and a stapled peptide?
Savoir les définir et donner leur utilité. Savoir synthétiser des peptides agrafés via leur chaine latérale, sur support solide. (e.g. protections orthogonales comme allo/Allyl, Dde, Troc, trityl etc…)
Savoir commet utiliser les protections de la cystéine pour préparer un peptide avec 3 ponts disulfures.