data<-read.table("~/Documents/Enseignement/Licence Pro EVAPPMT/R et TP/Data Licence Pro/Embryons_Ver_Soie.txt", quote="\"", comment.char="")
str(data)
data$V2<-as.factor(data$V2)
boxplot(V1~V2,data=data)

# anova 1 facteur
mod<-lm(V1~V2,data=data)
anova(mod) # par defaut type I

library(car)
car::Anova(mod,type='III',test='F') # fonction ANOVA du package car

# validation modele
par(mfrow=c(2,2))
plot(mod)
par(mfrow=c(1,1))


# recherche des effets du facteur dose

# approche SNK
library(agricolae)
compar<-agricolae::SNK.test(mod,'V2')
compar

# comparaison multiple deux à deux (par defaut : methode holm) 
pairwise.t.test(data$V1,data$V2)

# approche contraste : deux exemples
contr1 <- c( 1,rep(0,4),-1 ) # pour tester D1 contre D6
contr2 <- c( 1/2,1/2,rep(0,3),-1 )
M<-rbind("D1 contre D6"=contr1, "D1+D2 contre D6"=contr2)
M
library(multcomp) # librairie pour comparaisons multiples
test<-multcomp::glht(mod,linfct=mcp(V2=M))
summary(test)